馬英九二○一六年五月卸任總統後官司纏身，跑法院成「例行公事」，連今年春節開工首日也為三中案出庭。他被告案件多如牛毛，其中特別費、洩密、大巨蛋圖利等重大案件都全身而退，難怪他抱怨遭政治追殺。
據了解，馬英九被告三百案，大姊馬以南心疼又不捨，曾垂淚打氣說「我賣房子幫你打官司到底」，但馬英九對自己清白十分有信心，還引用尼采「殺不死我的，只會讓我更強大。」自我鼓勵；他質疑民進黨政府司法追殺，在北檢起訴「三中案」後發千字聲明強調「相信人民眼睛是雪亮的，我雖不好戰，但對於奉命起訴我的北檢，一定全力迎戰。」
檢調二○○六年調查首長特別費引爆告發潮，有兩百多位藍、綠首長身陷司法風暴，馬英九特別費案最受矚目。檢方認定他擔任台北市長時公費徇私報銷，他用「大水庫」理論辯捐款大於收入，力爭無罪。最高法院二○○八年判馬無罪確定，僅部屬余文判刑一年定讞。二○一一年立法院通過特別費除罪化。
馬英九二○一七年被北檢起訴違反公務員洩密罪、通訊保障及監察法和個人資料保護法，一審無罪，二審認定馬未召集相關立院人員會商、沒行使調解權，改依違反通保法判刑四月、得易科罰金，但更一審前年認定檢方舉證不足，馬未以總統身分主動違法取得資訊，也未違法利用他人個資，判無罪確定。
大巨蛋圖利案，檢察官認定沒證據證明圖利而簽結。馬英九目前僅剩富邦併購北銀案、國發院土地案由檢方分他字案調查，其中富邦併購案馬已多次被檢舉，檢方都查無不法簽結。
