前總統馬英九被控任國民黨主席期間賤賣三中和舊中央黨部大樓，造成國民黨損害72.9億元，台北地檢署依違反證交法等罪嫌起訴馬英九等人，法院花三年多時間審理，台北地方法院今判馬英九無罪；而三中案是馬英九繼特別費、洩密案被判無罪確定後，第三件被起訴獲判無罪（但仍可上訴）的案子。
馬英九2016年卸任總統後，官司纏身，連今年春節後開工首日也為「三中案」到法院開庭。細數馬英九捲入的重大弊案，包括特別費案、洩密案、富邦併購案、大巨蛋圖利案等。
2006年國務機要費案後，檢調針對首長特別費案進行調查，其中馬英九特別費案最受矚目。馬英九2006年被告發擔任北市長時公費徇私報銷，隨後引爆告發潮，最後藍、綠200多位首長陷入司法風暴；辦案人員曾以「血流成河」來比喻這場一發不可收始的恐怖氛圍，2011年立法院通過特別費除罪化。
馬英九2007年2月13日起訴後宣布辭黨主席、參選總統，審判時，馬用「大水庫」理論主辯捐款大於收入，一路力爭無罪；最高法院2008年4月24日判馬英九無罪確定，僅有部屬余文被依偽造文書罪判刑一年定讞，入監服刑。另馬英九被控以特別費報支、核銷愛犬「馬小九」動檢所留置費、健康檢查、住院醫療及其他代購品費用共9900元，檢方處分不起訴。
馬英九2017年被台北地檢署起訴違反公務員洩漏中華民國國防以外祕密罪嫌、通訊保障及監察法和個人資料保護法，一審以馬行使總統的「權限爭議處理權」判決無罪，但二審以馬並未召集相關立院人員會商，沒行使調解權，逆轉改依違反通保法判他4月徒刑，得易科罰金，是馬英九首度被判有罪。
經最高法院撤銷發回更審，更一審2019年7月12日認定檢方舉證不足，馬並未以總統身分主動違法取得資訊、也未違法利用他人個資；法院應落實無罪推定原則，維持一審無罪結果，全案無罪確定。
馬英九其餘被控富邦併購案、大巨蛋圖利案等，皆經檢方偵查後，查無不法簽結。
