指揮中心開放疫苗混打，目前規畫最快十一月上旬，即第十三輪開放ＡＺ疫苗混打ＢＮＴ疫苗，推估至少有五十五萬人符合資格，目前正修改疫苗登記平台，預計近日公布登記規定。另外，第十四輪規畫已接種ＢＮＴ疫苗第一劑滿六至八周成人，可接種第二劑ＢＮＴ疫苗。
第十三輪混打消息一出，許多預約第十二輪接種ＡＺ第二劑的民眾計畫棄打，這也讓台北市長柯文哲忍不住批評，「我都不知道你要整誰」，到時候一堆人不來打或爽約，真的會整死大家。
指揮中心發言人莊人祥提醒，若第十二輪預約卻棄打，至少需隔一輪，在第十四輪或之後才能接種疫苗，使兩劑疫苗間隔拉長。醫師也提醒，混打保護力強，但第一劑接種已逾十二周者，不建議再等，避免兩劑間隔太長影響免疫效果。
指揮中心指揮官陳時中表示，第十三輪已在規畫中，需要視ＢＮＴ及莫德納疫苗到貨狀況決定。莊人祥則表示，目前預估第十三輪符合混打資格者至少有五十五萬人，但若第十二輪放棄ＡＺ第二劑的民眾變多，數字還會增加。
莊人祥提醒，目前平台沒有取消預約的功能，已預約第二劑ＡＺ者，若選擇棄打，須再間隔一輪，最快第十四輪才能打到，若棄打人數多，有些民眾可能會等比較久。
另外，最新規畫第十四輪施打對象為十八歲以上接種第一劑ＢＮＴ疫苗滿六至八周者，可打第二劑ＢＮＴ疫苗。至於是否開放莫德納與ＢＮＴ混打，陳時中說，目前尚無計畫。
民眾擔心ＡＺ混打mRNA疫苗出現雙重副作用，林口長庚醫院副院長邱政洵表示，接種ＡＺ疫苗後若出現嚴重過敏反應，可考慮混打，別因害怕副作用不打疫苗。疫情之下，建議完整接種疫苗，若離第一劑接種時間已超過八到十二周，建議排到就馬上接種，避免時間拉長影響疫苗免疫效果。
昨是第十二輪第一階段開打首日，並加開莫德納第二劑預約，但符合資格的二點六萬人中，僅一點一萬人完成預約。陳時中說，目前大規模施打疫苗順利，衛福部於五、六月訓練不在職醫護組成疫苗注射隊打，各縣市有需要支援皆可申請。
有藍委質疑疫苗到貨究竟為什麼這麼慢，呼籲審計部應本於職權進行調查；審計部審計長陳瑞敏則說，衛福部因目前人力有困難，明年上半年就會查。
