疫苗接種最令人擔心的就是副作用，AZ疫苗除了可能發生極罕見血栓，歐洲藥品管理局（EMA）近日也將「格林巴利症候群」（GBS）增列為AZ疫苗的極罕見副作用，我國目前累計10例。不過輝瑞/BNT疫苗也曾出現極罕見的心肌炎和心包膜炎病例，較常發生在接種第二劑之後及年輕男性，隨著國內12至17歲青少年即將開打BNT疫苗，勢必倍受關注。
歐洲藥品管理局針對全球施打近6億AZ疫苗後，通報8百多例格林巴利症候群，考量相關可能性，將格林巴利症候群增列為AZ疫苗極罕見副作用，嬌生疫苗也被加註格林巴利症候群警語。
外界比較各疫苗廠牌不良反應致死率，目前AZ疫苗最高，第二為莫德納？指揮中心指揮官陳時中下午說，光看疫苗致死率數目比較難以看到真正情況，因其中也和時序、接種時間相關，接種後時間越久，人就可能越多，且施打對象風險高低也會影響，當然大家可做比較，不過其中的因素是蠻複雜的。
GBS發病前類感冒 打完疫苗1~2周常見四肢無力
「格林巴利症候群」（Guillain- Barre Syndrome，GBS）是一種免疫功能異常，發生率大約十萬分之一，從小孩到成年人都可能發生，男女比例差不多。台北醫學大學附設醫院神經內科主任葉篤學指出，常見症狀為漸進性四肢無力，嚴重的話會呼吸衰竭，不過通常都可以及早偵測治療，真正嚴重到呼吸衰竭的人很少。
葉篤學說明，約三分之二GBS病人在發病之前的1、2周，曾出現類似感冒症狀或腹瀉，也有人打完疫苗後1至2周發生GBS，但不只是AZ疫苗，過去也有人打完流感疫苗發生GBS。
葉篤學表示，「格林巴利症候群」主要跟病毒感染或疫苗接種引起身體免疫反應有關，簡單來說，免疫反應就像士兵，士兵能夠對抗外界病毒，士兵需要訓練，訓練方法一種是打疫苗，第二種是感染過一次病毒就能產生免疫力，但士兵可能認錯敵人，導致反過來攻擊自己的神經。
國內已有700多萬人接種AZ疫苗，目前通報10例「格林巴利症候群」。衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）召集人李秉穎昨於記者會表示，mRNA疫苗和腺病毒載體苗均曾通報接種後出現GBS案例，國外有許多報告，但目前沒有明確數據顯示，打完新冠疫苗會增加GBS發生率，台灣新冠疫苗接種後GBS發生率也未高於背景值。
國內首批BNT疫苗將於9月23日起優先給12至17歲青少年接種，根據美國食品藥物管理局8月23日最新監測資料，打BNT疫苗後出現心肌炎及心包膜炎的個案，以男性較女性多，且最常發生於40歲以下男性，也觀察到12至17歲青少年風險較高。