阿公店水庫集水區屬灰色泥質頁岩，質地鬆軟吸水易化，易沉積於庫底。為減少水庫淤積，每年6月1日至9月10日為「空庫防淤運轉」期，先開啟溢洪管閘門或灌溉管排砂閘門放空庫水，以利颱洪豪雨所造成之高濃度泥水快速過庫排出，並以水力帶走原沉積於庫底之泥砂，避免上游來砂淤積及增加水庫容量，亦可增加滯洪空間，保障下游岡山、永安等地民眾生命財產安全。
阿公店水庫在南水局多元清淤努力下，今年已清淤58.91萬立方公尺，包括水力排砂43.14萬立方公尺，抽泥船抽取底泥經由溢洪管排出10.7萬立方公尺，另趁水庫水位較低時，以挖土機挖除5.07萬立方公尺淤砂暫置，可無償提供民眾進行農地改良或回填。
每年9月11日至次年5月31日為「蓄水利用期間」，除蓄存阿公店水庫集水區水量外，也藉由越域引水路引旗山溪水源入庫蓄存，以供應下游民生、農業及工業用水。南水局會定期邀請各用水單位協商，嚴密調控各標的供水，以達到供水無虞。